昨日は大雨でした が、今日は曇りですが　気持ちがずっといいですね した。¶
一日中気持ちがよかったです。¶
九時から　十二時まで　日本語を勉強しました 。¶
練習の後、たくさんの問題が出ました。

文章を整理したり、考えたりするのに「　」のような空欄を使うのはいい方法だとおもいます。
少しづつ「、」や「。」を使って、文章をまとめる練習をしてみてもいいと思います。
また、「たくさんの問題がでました。」でも文法上特に問題はありませんが、
「たくさん問題がでました」の方が少し自然に聞こえる気がします。

昼ご飯を食べて　、運動をしました。

「昼ご飯」のままでも大丈夫です。
ただ「お昼ご飯」の方が普段使う気がします。
別に丁寧に言う必要はないはずなんですけど、よくこちらの方が使われます。

シャワーを浴んで　びて、彼氏と電話で話しました。

昨日は大雨でした 。¶
今日は曇りですが　気持ちがずっといいですね 。¶
九時から　十二時まで　日本語を勉強しました ¶
練習の後、たくさんの問題が出ました。

昼ご飯を食べて　（から）運動をしました。

シャワーを浴んで　びてから彼氏と電話で話しました。

微信でですね。